Las semillas del fruto se utilizan como especia bajo el nombre de achiote, como colorante natural en los alimentos y con fines cosméticos como pintura corporal roja entre los pueblos indígenas, aplicada para protegerse de las quemaduras del sol, para ahuyentar a los insectos y con fines espirituales, e industrialmente como materia prima para la producción de lápiz de labios.
En la tradición del pueblo tsáchila, el achiote se utiliza para teñir el cabello típico de esta etnia, de donde procede el término en español de colorados.
En el sur de México, Costa Rica y Nicaragua, la semilla de achiote se utiliza como especia. En forma de pasta, sirve de base para la cochinita pibil, popular en Yucatán, o se utiliza como pasta (polvo de semilla con agua) para marinar la carne. El achiote tiene un sabor relativamente débil pero característicamente terroso y, al mismo tiempo, aporta un bonito color a los alimentos. También se utiliza como colorante del arroz en Sudamérica, por ejemplo en Ecuador y Costa Rica. En Francia, el colorante se utiliza como aditivo para la mimolette (queso duro).